Quando chegou à idade de começar os estudos, brotou no coração do pequeno Francisco o amor ao sacerdócio, e isso se intensificou ainda mais quando a família de Padre Pio recebeu um frade em casa. Ele ficou fascinado e ainda mais atraído pela vida consagrada a Cristo. Seus pais se alegraram com o desejo do menino Francisco e fizeram sacrifícios para dar condições de estudos ao filho, a fim de que ele pudesse corresponder ao chamado e se tornar um frei. E assim aconteceu: aos 16 anos ele entrou para a ordem dos capuchinhos e foi ordenado padre aos 23 anos, em 10 de agosto de 1910. O início de sua vida como sacerdote foi muito conturbado, seus problemas de saúde se intensificaram e o mundo passava por um momento de tensão por conta da guerra. Frei Pio precisou até mesmo se alistar para a guerra, mas acabou sendo dispensado por seu estado frágil de saúde. Ele dormia pouco porque recebia frequentemente a visita do demônio quase todas as noites e travava lutas físicas com ele. Apesar de suas fraquezas e dos ataques do diabo, o sacerdócio de São Padre Pio foi vivido com muita dedicação, caridade e amor às almas. Ele ficava horas no confessionário e oferecia direcionamento espiritual aos fiéis. Era conhecido por ser rígido e, se necessário, bravo, pois almejava acordar as almas cegas pelo pecado, ainda assim cada vez mais pessoas o procuravam para se confessarem e pedirem direcionamento.